Caracterización de la heterogeneidad transcripcional de targets terapéuticos en LLA pediátrica mediante secuenciación de lectura larga

Lucila Viappiani ^1,2 - Marina Luz Ingravidi ³ - Geraldine Gueron ^1,2 - Javier Cotignola ^1,2 - María Sol Ruiz ^1,2

1 CONICET - Universidad de Buenos Aires, Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales (IQUIBICEN), Buenos Aires, Buenos Aires C1428EGA, Argentina;
2 Universidad de Buenos Aires, Facultad de Ciencias Exactas y Naturales, Departamento de Química Biológica, Laboratorio de Inflamación y Cáncer, Buenos Aires, Argentina;
3 Instituto de Biociencias, Biotecnología y Biología translacional, Facultad de Ciencias Exactas y Naturales, Universidad de Buenos Aires

Las inmunoterapias dirigidas contra CD19, CD20 y CD22 han mejorado los resultados terapéuticos en la leucemia linfoblástica aguda de linaje B (LLA-B). Sin embargo, pueden surgir mecanismos de resistencia asociados a variaciones o pérdida de epítopes. Resolver isoformas de longitud completa es fundamental, ya que la secuenciación de lectura corta infiere las estructuras transcripcionales de manera indirecta. En este estudio piloto caracterizamos y cuantificamos isoformas de CD19, MS4A1 (codificante de CD20) y CD22 mediante secuenciación de lectura larga. Se analizó ARN de 2 pacientes pediátricos con LLA-B al diagnóstico mediante secuenciación del transcriptoma completo y secuenciación de amplicones de CD19 y MS4A1 utilizando la tecnología Oxford Nanopore Technologies (ONT), comparándolos con datos de RNA-seq de Illumina. Observamos una correlación moderada (r = 0,53–0,59) entre la cuantificación obtenida por ONT e Illumina (20.335 y 14.341 transcriptos, respectivamente). A pesar de una profundidad 3–5 veces menor en ONT, la clasificación molecular basada en cuantificación a nivel génico fue concordante entre tecnologías. Usando Salmon, Illumina identificó 9 isoformas de MS4A1, 5 de CD19 y 15–20 de CD22, mientras que ONT detectó 1–3 isoformas principales por gen. La secuenciación de amplicones reveló más de 10 isoformas novel de MS4A1 con frecuencias bajas (<2,8%), incluyendo isoformas que omiten el exón que codifica el dominio de unión del anticuerpo. Estas isoformas no fueron detectadas en WTS, probablemente debido a su baja abundancia. La secuenciación de lectura larga permite detectar isoformas transcripcionales de longitud completa con potencial relevancia para mecanismos de resistencia a inmunoterapias en LLA-B pediátrica. La variabilidad en la cuantificación entre tecnologías, herramientas y enfoques basados en amplicones resalta la necesidad de avanzar en la estandarización y validación antes de su aplicación clínica.