Comprendiendo el neuroblastoma a través de la integración de datos de transcriptómica de célula única

Federico J Garde ¹ - Daniela J Di Bella ² - Abel L Carcagno ¹

1 Laboratorio de Diferenciación Celular y Cáncer, ETI1, IQUIBICEN-CONICET, DQB-FCEyN-UBA, CABA, Argentina.
2 Department of Stem Cell and Regenerative Biology, Harvard University, Boston, USA.

El neuroblastoma (NB) es el tumor extracraneal infantil más frecuente y surge de la médula adrenal. El NB es un tumor derivado de células de la cresta neural y suele considerarse una enfermedad asociada a una diferenciación celular incompleta.
La generación de mapas de referencia de tumores primarios de NB, junto con el análisis mediante transcriptómica de célula única de células de la médula adrenal embrionaria, constituye una herramienta fundamental para descifrar la heterogeneidad y el origen de estos tumores.
Nuestros objetivos fueron generar y analizar un atlas de tumores de NB mediante la integración de datos públicos de transcriptómica de célula única y utilizar este atlas para evaluar a ASCL1 como un posible blanco terapéutico para NB, como complemento de nuestros resultados in vitro que muestran que el silenciamiento de ASCL1 en NB induce diferenciación celular y reduce la agresividad tumoral.
Integramos los datos mediante el método Seurat-CCA y el atlas resultante fue filtrado para conservar las células tumorales. La reducción de dimensionalidad se realizó sobre el atlas y los clústeres se calcularon mediante Uniform Manifold Approximation and Projection (UMAP). Al examinar la expresión de firmas génicas específicas de los tipos celulares de la médula adrenal fetal humana y al alinear nuestro atlas con datos de scRNAseq del mismo órgano utilizando Seurat TransferID, encontramos que las células de NB comparten un origen común: los simpatoblastos de la médula adrenal y que su heterogeneidad puede explicarse por su grado de diferenciación celular y el ciclo celular asociado. Esto fue respaldado por los procesos y vías diferencialmente enriquecidos, así como por el análisis de trayectorias realizado combinando CytoTrace con Monocle3.
Finalmente, encontramos que ASCL1 se expresa predominantemente en células menos diferenciadas, y que se co-expresa con genes vinculados al compromiso neuronal, la migración celular y la proliferación.