La huella ambiental del ADN recombinante

Ignacio Sanchez ¹ - Luciana Couso ² - Camila Salgado ³

1 Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas (CONICET), Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales (IQUIBICEN), Laboratorio de Fisiología de Proteínas, Buenos Aires, Argentina.
2 Cátedra de Genética - Facultad de Agronomía, Universidad de Buenos Aires
3 Universidad de Buenos Aires, Facultad de Ciencias Exactas y Naturales, Departamento de Química Biológica, Laboratorio de Fisiología de Proteínas, Buenos Aires, Argentina.

Desde su descubrimiento hace poco más de medio siglo, el ADN recombinante (ADNr) se usó en laboratorios de investigación como una herramienta cotidiana y permitió grandes avances. Al ser el ADN una molécula altamente estable seleccionada evolutivamente y portadora de la información genética, la generación de moléculas de ADNr en el laboratorio trajo aparejadas preocupaciones en torno a los riesgos de su uso. En consecuencia, la comunidad científica acordó una serie de normas de seguridad, sobre la premisa de que el ADNr utilizado en el laboratorio no sea liberado al ambiente. La aparición de herramientas modernas como la metagenómica permite poner a prueba la efectividad de estas normas y el destino ambiental del ADNr a través de la secuenciación de ADN de muestras ambientales. La base de datos MGnify alberga datos metagenómicos que permiten la búsqueda de secuencias de ADN a través de la secuencia aminoacídica que codifican. Se utilizó MGnify para la búsqueda de secuencias de ADNr codificantes para 3 proteínas utilizadas en laboratorios de investigación: GFP, GST y beta lactamasa, con el objetivo de evaluar su presencia en el ambiente. Para analizar la identidad de las secuencias encontradas en MGnify tras la búsqueda se utilizaron las herramientas Expasy y BLAST. Luego, para determinar el origen recombinante o natural se analizó el contexto en el que aparecía la proteína (bioma, geolocalización, dominios, análisis taxonómico de la muestra, secuencias adyacentes) y la información relevante sobre el organismo de origen de la misma. Los resultados muestran la presencia en el ambiente de las proteínas buscadas en múltiples lugares del planeta. Los datos contextuales sugieren que el origen más probable de las secuencias es ADNr y no el organismo de origen de la secuencia. Esto lleva a interpelar la validez de las normas de seguridad adoptadas hasta ahora y a considerar la metagenómica como una herramienta válida para el monitoreo del ADNr en el ambiente.